Martin H. Rathke, (född 25 augusti 1793, Danzig, Preussen [nu Gdańsk, Pol.] - död 3 september 1860, Königsberg [nu Kaliningrad, Ryssland]), tysk anatomist som först beskrev gillisslitsarna och gälvbågarna i embryon från däggdjur och fåglar. Han beskrev också först 1839 den embryonala strukturen, nu känd som Rathkes påse, från vilken den främre loben av hypofysen utvecklas.
Rathke avslutade en tioårig medicinsk praxis i sin hemstad när han blev professor i fysiologi vid universitetet i Dorpat och senare (1835) professor i zoologi och anatomi i Königsberg. En enastående embryolog, Rathke tyckte att gälvbågarna var rester av förfäderna gälar, men han erkände också deras betydelse i den senare utvecklingen av de tillhörande blodkärlen. Rathke gjorde också banbrytande forskning inom marin zoologi. Han valdes till en kollega i Royal Society 1855.
