Det afrikanska partiet för självständighet i Guinea och Kap Verde (PAIGC) fann klart stöd i de portugisiska kolonierna för sitt budskap om social och ekonomisk utveckling genom politisk revolution. 1961 antog det en flagga som var något liknande den i de angränsande oberoende länderna i Guinea och Ghana, som sedan diskuterade en framtida federation av västafrikanska länder. Till deras pan-afrikanska rödgulgröna tillägges befrielsebewegningen för Guinea-Bissau en svart stjärna på lyftbandet. Den stripen och stjärnan motsvarade geografiskt den västra kustregionen med dess huvudstad, Bissau (från vilken det nationella namnet härleddes). De horisontella ränderna i den kvarvarande delen av flaggan och deras gula och gröna färger motsvarade i stort sett savannerna i norr och söder.
Officiellt sades den svarta stjärnan vara en symbol för PAIGC-ledarskap, dess färg hänvisade till det afrikanska folket och deras beslutsamhet att leva i värdighet, frihet och fred. Gul tolkades som en symbol för skörden och fruktens arbete, både inom jordbruket och på annat sätt. Green påminde sig om de stora djunglarna och jordbrukslandskapen, som gav en stor försörjning för de allra flesta medborgare. Partiflaggan införlivade också initialerna PAIGC, som utelämnades när oberoende utropades den 24 september 1973. Portugal erkände inte Guinea-Bissau eller dess flagga förrän efter sin egen revolution 1974; ändå var mycket av Guinea-Bissau redan under kontroll av PAIGC och dess flagga. Kap Verde övergav så småningom den marxistiska politiken i PAIGC och ändrade sin nationella flagga, men Guinea-Bissau behåller den ursprungliga designen.
