Befrielsekampen i Tanganyika leddes av Tanganyika African National Union, vars flagga var en horisontell tricolor av grön-svart-grön. Val bekräftade det överväldigande populära stödet för organisationen, och de brittiska myndigheterna föreslog att modifiera partiflaggan för användning som nationell flagga efter oberoende den 9 december 1961. Gula fimbriationer tillkom vid den tiden.
Under arabiskt styre hade Zanzibar länge en röd flagga, men en svart afrikansk regim kom till makten den 12 januari 1964 under en flagga av svart, gult och blått. Följande månad införde det regerande Afro-Shirazi-partiet en ny nationell flagga som liknar sin egen. De horisontella blå-svartgröna ränderna stod för havet, folket respektive marken, medan en smal vit vertikal rand vid lyftan var för fred.
I april 1964 förenades länderna i Tanganyika och Zanzibar, och i början av juli slogs deras flaggstraditioner in för att skapa den nya nationella flaggan i Tanzania. Flaggfärgerna införlivades diagonalt för distinktion. Landets majoritetsbefolkning symboliseras av den svarta randen, medan grönt antyder landets rika jordbruksresurser. Mineralisk rikedom återspeglas i de smala gula gränserna, medan Indiska oceanen symboliseras av blått. Efter att Zanzibar förenades med Tanganyika, fortsatte Zanzibar-flaggan ändå att användas lokalt på dessa öar.
