J. Edgar Thomson, (född 10 februari 1808, Springfield Township, Pa., USA - död 27 maj 1874, Philadelphia), amerikansk civilingenjör och president för Pennsylvania Railroad Company som konsoliderade ett nätverk av järnvägslinjer från Philadelphia till olika städer i Mellanvästern och söder, som sträcker sig så långt som Chicago och Norfolk, Va.
Thomson anslöt sig till Pennsylvania ingenjörskorps kl 19. På den tiden undersökte korps den bästa banan för en järnvägslinje från Philadelphia till Columbia. 1830 blev han chef för ingenjörsavdelningen för Camden & Amboy Railroad i New Jersey. Från 1832 till 1847 var han chefstekniker för Georgia Railroad, som konstruerade en Atlanta-till-Augusta-linje, den längsta linjen som byggdes av ett företag fram till dess.
År 1846 charterades Pennsylvania Railroad för att bygga ett järnvägssystem som skulle göra det möjligt för Pennsylvania att konkurrera med New York och andra östliga stater när det gäller att driva handelslinjer i väster. Anställd som chefstekniker för järnvägen 1847 var han president vid 1852 och innehade den positionen tills hans död. Genom noggrant val av rutten och platsen för Horseshoe-kurvan slutförde Thomson en genomgående linje som korsade Alleghenies och Appalachians utan att använda lutande betyg. Linjens Philadelphia-till-Pittsburgh-tjänst började i februari 1854.
Under de kommande 20 åren utökade Thomson linjen västerut och skapade Pennsylvania Company 1870–71 för att hyra och utveckla system från Pittsburgh till Chicago. Han pressade också öster och söder, hyrde ut linjerna i United Companies of New Jersey 1871 och förvärvade ett intresse i det södra järnvägssäkerhetsföretaget 1873. För att etablera Philadelphia som ett centrum för transatlantisk handel hjälpte han till att hitta det amerikanska Steamship Company i 1870.
Förutom att utvidga Pennsylvania Railroads linjer kraftigt införde Thomson ett antal förbättringar av järnvägsindustrin, inklusive ett system för hantering av passagerarbagage och användning av stål snarare än järnskenor.
