John Knowles Paine, (född 9 januari 1839, Portland, Maine, USA - död 25 april 1906, Cambridge, Mass.), Kompositör och organist, den första amerikanen som fick stort erkännande som kompositör och den första musikprofessorn på ett amerikanskt universitet.
Efter en grundlig musikalisk grund i Portland avslutade Paine sina studier i Berlin (1858–61). 1861 initierade han en serie orgelreciteringar och föreläsningar i Boston som ledde till hans utnämning 1862 till instruktör (senare professor) för musik vid Harvard University. Musikavdelningen han organiserade där blev en modell för många andra amerikanska universitet.
Både som lärare och som kompositör var han ett stort inflytande på musikutvecklingen i USA. Hans verk, vanligtvis modellerade på de tyska klassikerna, inkluderar två symfonier, en mässa i D (1866–67) och oratoriet St. Peter (1872).
