John Mackenzie, (född 30 augusti 1835, Knockando, Moray County, Scot.-dog 23 mars 1899, Kimberley, Cape Colony [nu i Sydafrika]), brittisk missionär som var en ständig mästare för afrikanarnas rättigheter i södra Afrika och en förespråkare för brittisk ingripande för att begränsa spridningen av Boerinflytande, speciellt över Tswana-länderna (”Bechuana” i äldre variantortografi).
Mackenzie, en medlem av London Missionary Society (nu Council for World Mission), åkte till södra Afrika 1858 och började sitt missionärsarbete på Kuruman (nu i Sydafrika) och fortsatte i Tswana-territorierna kända som Bechuanaland. Orolig över de växande intrång i Tswana-territorierna från Boers från Transvaal-republiken i öst, var han aktiv från 1867 i försök att få Storbritannien att förklara ett protektorat över Tswana-territorierna och hävdade att briterna skulle skydda afrikanska rättigheter från boerrasism. 1884 förklarades ett protektorat över de södra Tswana-territorierna, kända som British Bechuanaland (nu i norra Sydafrika), med Mackenzie som vice kommissionär. Han förlorade detta jobb till Cecil Rhodes 1885 men förblev i politiken och behöll ett stort inflytande. Senare samma år deltog han i Warren-expeditionen, vilket resulterade i att Tswana-länderna norr om brittiska Bechuanaland förklarades till Bechuanaland-protektoratet (nu Botswana). 1889 gick han i pension för att återuppta sin missionärverksamhet.
