Kootenay River, också stavad Kootenai, ström i västra Nordamerika, stiger i Rocky Mountains väster om Banff, Alta., Can. Den flödar söderut genom Kootenay National Park i British Columbia, Can, och bryter ut från Rockies för att rinna generellt söderut i Rocky Mountain-diken. Den svänger söderut i Montana, USA, i en bred U-formad slinga och sedan norrut in i Idaho och tillbaka in i Kanada innan den breddar sig ut i den långa, smala Kootenay sjön i British Columbia; från sjöns västra arm flyter det in i Columbia River vid Castlegar.
Ungefär 130 mil (210 km) av floden 485 mil (780 kilometer) är i USA. Kootenay sjunker 365 fot (111 m) i 40 mil (40 km) mellan Kootenay sjön och Columbia River. I det här avsnittet levererar flera dammar ström till basmetallsmältverket och raffinaderiet vid Trail, BC. Floden är navigerbar från Bonners Ferry, Idaho, till Nelson, BC
Kootenay, som utforskades 1807 av den brittiska pälshandlaren David Thompson och en gång kallades Flat Bow, har sitt namn från ett indiskt ord som betyder ”vattenfolk”.
