Taxonomiska system
Taxonomi, vetenskapen om klassificering av organismer, är baserad på fylogeni. Tidiga taxonomiska system hade ingen teoretisk grund; organismer grupperades enligt uppenbar likhet. Sedan Charles Darwins publicering 1859, On the Origin of Species by Means of Natural Selection, har taxonomi dock baserats på de accepterade förslagen om evolutionär härkomst och relation.
Filogenens data och slutsatser visar tydligt att livets träd är en produkt av en historisk utvecklingsprocess och att grader av likhet inom och mellan grupper motsvarar graden av förhållande efter nedstigning från vanliga förfäder. En fullt utvecklad fylogeni är avgörande för att ta fram en taxonomi som återspeglar de naturliga förhållandena i levande ting.
Bevis för specifika fylogenier
Biologer som postulerar fylogenier hämtar sina mest användbara bevis från områdena paleontologi, komparativ anatomi, jämförande embryologi och molekylär genetik. Studier av molekylstrukturen hos gener och den geografiska spridningen av flora och fauna är också användbara. Den fossila posten används ofta för att bestämma fylogeni av grupper som innehåller hårda kroppsdelar; Det används också för att datera divergenstider för arter i fylogenier som har konstruerats på basis av molekylär bevis.
De flesta data som används för att göra fylogenetiska bedömningar kommer från jämförande anatomi och från embryologi, även om dessa snabbt överträffas av system konstruerade med molekylär data. Genom att jämföra funktioner som är gemensamma för olika arter försöker anatomister att skilja mellan homologier, eller likheter som ärvts från en gemensam förfader, och analogier, eller likheter som uppstår som svar på liknande vanor och levnadsförhållanden.
Biokemiska undersökningar som genomfördes under senare hälften av 1900-talet och den tidiga delen av 2000-talet bidrog med värdefulla data till fylogenetiska studier. Genom att räkna skillnader i sekvensen av enheter som utgör protein- och deoxiribonukleinsyramolekyler (DNA) -molekyler har forskare utvecklat ett verktyg för att mäta i vilken grad olika arter har divergerat sedan de utvecklats från en gemensam förfader. Eftersom mitokondrialt DNA har mycket höga mutationsgrader jämfört med kärn-DNA har det varit användbart för att upprätta förhållanden mellan grupper som har divergerat nyligen. I huvudsak liknar tillämpningen av molekylär genetik på systematik användningen av radioisotoper i geologiska dateringar: molekyler förändras i olika hastigheter, med vissa, såsom mitokondriell DNA, utvecklas snabbt och andra, såsom ribosomal RNA, utvecklas långsamt. Ett viktigt antagande då man använder molekyler för fylogenyrekonstruktion är att välja den lämpliga genen för taxonåldern som studeras.
