Yahya Khan, i sin helhet Agha Mohammad Yahya Khan, (född 4 februari 1917, nära Peshawar, Indien [nu i Pakistan] - död den 10 augusti 1980, Rawalpindi, Pakistan), Pakistans president (1969–71), en professionell soldat som blev chef för de pakistanska väpnade styrkorna 1966.
Yahya föddes till en familj som härstammar från elit-soldatklassen i Nāder Shah, den persiska härskaren som erövrade Delhi på 1700-talet. Han utbildades vid Punjab University och tog examen senare i sin klass från Indian Military Academy i Dehra Dun. Han tjänade i Italien och Mellanöstern under andra världskriget, och organiserade Pakistans Staff College efter indelningen 1947.
Efter att ha tjänstgjort i kriget med Indien över Kashmir-regionen, blev han Pakistans yngsta brigadiergeneral vid 34 års ålder och dess yngsta general vid 40. Han blev chefschef 1966. En protégé av Pres. Mohammad Ayub Khan, Yahya var befälhavare för militären när gatuupplopp utbröt i landet. Ayub uppmanade honom att ta över regeringens ledning och bevara Pakistans integritet. Han utsågs till huvudadministratör för kampslag, som han förklarade med orden ”Jag kommer inte att tolerera oordning. Låt alla återgå till sin tjänst. ”
Yahya Khan efterträdde Ayub Khan som president när den senare avgick sitt kontor i mars 1969. År 1971 utbröt en allvarlig konflikt mellan centralregeringen och Awami-partiet i det som då var östra Pakistan, under ledning av Sheikh Mujibur Rahman. Den östpakistanska ledaren krävde autonomi för sin hälften av det geografiskt uppdelade landet, och Yahya Khan svarade genom att beordra armén att undertrycka Awami-partiet. Den brutalitet som hans order utfördes och den resulterande tillströmningen av miljoner östpakistanska flyktingar till Indien ledde till den indiska invasionen av östra Pakistan och rutan för dess västra pakistanska ockupanter. Östra Pakistan blev det oberoende landet Bangladesh och med sin förlust avgick Yahya Khan (20 december 1971).
Han ersattes av sin utrikesminister, Zulfikar Ali Bhutto, som satte honom i husarrest. Strax därefter förlamades han av en stroke och spelade efter sin frisläppande ingen ytterligare viktig politisk roll.
