Klassificering efter ”naturliga tecken”
Linné ansåg inte det sexuella systemet som hans huvudsakliga bidrag till ”botanikens reformering” som han strävade efter. Hans huvudsakliga bidrag kom i form av en broschyr, Fundamenta Botanica (1736; ”The Foundations of Botany”), som inramade principerna och reglerna som ska följas vid klassificering och namngivning av växter.
1735 träffade Linné Boerhaave, som introducerade Linné för George Clifford, en lokal engelska köpman och bankir som hade nära förbindelser med det nederländska östindiska kompaniet. Imponerad av Linnés kunskap erbjöd Clifford Linné en position som kurator för sin botaniska trädgård. Linné accepterade ståndpunkten och använde denna möjlighet för att utvidga vissa kapitel av Fundamenta Botanica i separata publikationer: Bibliotheca Botanica (1736; ”Biblioteket för botanik”); Critica Botanica (1737; ”En kritik av botanik”), om botanisk nomenklatur; och klasser Plantarum (1738; "Klasser av växter"). Han använde det teoretiska ramverk som anges i dessa böcker i två ytterligare publikationer: Hortus Cliffortianus (1737), en katalog över de arter som finns i Cliffords samling; och Genera Plantarum (1737; ”Genera of Plants”), som modifierade och uppdaterade definitioner av växtgenera som först erbjuds av Tournefort.
Genera Plantarum ansågs av Linné för att vara hans krönande taxonomiska resultat. I motsats till tidigare försök från andra botaniker på generisk definition, som fortsatte med en uppsättning godtyckliga uppdelningar, presenterade Genera Plantarum ett system baserat på vad Linné kallade "naturliga karaktärer" i släkten - morfologiska beskrivningar av alla delar av blomma och frukt. Till skillnad från system baserade på godtyckliga uppdelningar (inklusive hans eget sexuella system), kunde ett system baserat på naturliga karaktärer rymma det växande antalet nya arter - ofta med olika morfologiska drag - som hälls in i Europa från dess utomeuropeiska handelsposter och kolonier.
Linnés skillnad mellan artificiella och naturliga klassificeringar av organismer väckte emellertid frågan om mekanismen som tillät organismer att falla i naturliga hierarkier. Han kunde bara svara på denna fråga när det gäller arter: arter, enligt Linné, var liknande i form eftersom de härstammade från samma förälderpar som skapades av Gud i början av världen. Många av hans samtida delade ett liknande artkoncept. En sådan anmärkningsvärd personlighet var den franska naturforskaren Georges-Louis Leclerc de Buffon, som var engagerad i ett liknande alltomfattande naturhistoriskt projekt på den tiden - även om Buffon tvivlade på att det finns naturliga släktingar, ordningar eller klasser. Linné försökte förklara existensen av dessa uppdelningar inom ramen för hybridisering; Frågan om naturliga hierarkier skulle emellertid inte få ett tillfredsställande svar förrän den engelska naturforskaren Charles Darwin förklarade likhet med gemensamt härkomst i sitt Origin of Species (1859).
