Comayagua, stad, väst-centrala Honduras, på höger strand av Humuya-floden i en bördig dal.
Staden grundades 1537 som Valladolid de Santa María de Comayagua och tjänade som den spanska koloniala huvudstaden i Honduras-provinsen. En variation av dess namn, Comayaguela, används för regeringsdistriktet i Tegucigalpa. Det drabbades av skador under 1800-talets politiska omvälvningar i Honduras och i rivalitet med Tegucigalpa för positionen som nationell kapital, men först 1880 överfördes huvudstaden slutligen till Tegucigalpa. Staden drabbades också av flera jordbävningar och upprepade bränder.
Koloniala byggnader inkluderar en anmärkningsvärd spansk barockkatedral (1715), fyra kyrkor från 1500-talet och ett tidigare universitet - det första i Centralamerika som grundades 1632. Comayagua tillverkar läkemedel, skor, hartser, cementprodukter och keramik; Det är det kommersiella centrumet för västra Honduras. Det nationella jordbrukscentret ligger i staden. Mycket av centrum, inklusive katedralen och centralparken, har renoverats för att återställa stadens koloniala atmosfär och unika charm.
Inter-Oceanic Highway passerar genom staden. Comayagua har också ett flygfält som uppgraderades i början av 1980-talet till en militär flygbas. Strax utanför Comayagua ligger Palmerola, den främsta amerikanska militära basen i Honduras, som delas med Honduras flygvapen. Pop. (2001) 55,368; (2013) 92,883.
