Bosnien, med sin blandade etniska befolkning, utvecklade aldrig sina egna nationella symboler. Under det kommunistledda Jugoslavien 1946 till 1991–92, till exempel, använde Socialistiska republiken Bosnien och Hercegovina helt enkelt en röd banderoll med en liten version av den jugoslaviska nationella flaggan i kantonen. Då oberoende utropades den 3 mars 1992, fanns det ingen flagga som var acceptabel för landets bosnier, serber och kroater. Den bosnisk-dominerade regeringen antog därför vad den hoppades att skulle vara en neutral symbol från det långa förflutna. Den valde vapenskölden som använts av kung Stjepan Tomaš (regerade 1443–61), vilket den tillskrev den största medeltida bosniska härskaren, Tvrtko I (1377–91). Den blå skölden med en vit diagonal rand som separerade sex gyllene fleurs-de-lis placerades i mitten av en vit flagga. Den konstnärliga återgivningen, officiellt antagen den 4 maj 1992, skapades av Zvonimir Bebek.
Denna flagga förkastades av många kroater och serber när nationen gled in i inbördeskrig. Fredsavtal som undertecknades i Dayton, Ohio, USA, erkände i slutet av 1995 fördelningen av landet mellan den serbiska republiken och Federationen Bosnien och Hercegovina, ofta kallad den kroat-muslimska federationen. Varje stat hade sina egna symboler, och kroaterna fortsatte att använda den kroatiska flaggan företrädesvis federationsflaggan, men republikens flagga 1992 erkändes fortfarande internationellt.
1995 års överenskommelser krävde att en flagg skulle kunna ersättas för att ersätta designen från 1992, men den nationella lagstiftaren var ineffektiv i detta avseende. Således upprättade FN en ny flagga (4 februari 1998) som inte symboliskt kunde kopplas till en enda etnisk, religiös eller politisk grupp.
