Det finns två källor för de vitblå-röda färgerna på den slovenska nationella flaggan. För sitt nationella etniska baner hade Slovenien antagit en kopia av den ryska flaggan för att visa solidaritet med andra slaviska folk vid tidpunkten för Napoleonskrigen. Ännu tidigare hade den heliga romerska kejsaren emellertid beviljat ett vapensköld till "Kronlandet Carniola", som då var en del av imperiet. Detta vapensköld presenterade en vit sköld med en blå örn med en röd-vit rutig halvmåne på bröstet. En annan viktig vapensköld i slovensk historia var den som användes av länet Celje - en blå sköld med tre gula stjärnor. Slutligen, under den kommunistiska regimen på 1900-talet, hade vapenskölden i Slovenien blå och vita vågiga horisontella linjer för att föreslå landets Adriatiska kust, liksom ett stiliserat trehögt berg - Sloveniens högsta, den berömda Triglav.
Slovenien utropade sitt oberoende den 25 juni 1991, men var tvungen att kämpa mot den jugoslaviska armén för att upprätta sin suveränitet. Flaggan som lyfts upp på självständighetsdagen var den traditionella vitblå-röda pan-slaviska trikolorn. För att skilja den från de liknande flaggorna i Ryssland och Slovakien tillkom den nya vapenskölden i Slovenien i det övre lyfthörnet överlappande de vita och blå ränderna. Denna sköld har en kombination av Triglav och vågiga ränder av kommunistarmarna med de gula stjärnorna på en blå bakgrund från Celje-skölden.
