Flaggan antogs av Territorial Council 1967. Dess ojämna vertikala ränder kallas en "kanadensisk blek" eftersom de motsvarar dem i den kanadensiska flaggan. (I heraldik är en blek en central vertikal rand på en sköld, som normalt täcker en tredjedel eller mindre av området.) Den gröna stripen i Yukon-flaggan är för territoriets skogar, medan den blå är för floder och sjöar; vit är för den arktiska snön. Det centrala emblemet är den officiella Yukon vapenskölden, som beviljades territoriet den 24 februari 1956, av kunglig befästning. Detta vapensköld designades av befälhavaren Alan B. Beddoe, medan flaggan var konceptet av Mr. Lynn Lambert, en student vid Haines Junction.
Den vapen i vapenskölden har en Malamute-hund, som användes allmänt vid öppningen av det mineralrika Yukon-territoriet till europeisk bebyggelse. Den vågiga vertikala remsan på skölden står för Yukon-floden, de röda trianglarna antyder berg och guldskivorna hänvisar till guld och andra mineraler. St George's Cross (of England), plus den heraldiska symbolen för päls och den territoriella blomman (fireweden), kompletterar vapenskonstruktionen.
