Friedrich Miescher, i sin helhet Johann Friedrich Miescher, (född 13 augusti 1844, Basel, Schweiz - dog 26 augusti 1895, Davos), schweizisk student i cellmetabolism och upptäcker av nukleinsyror.
1869, medan han arbetade under Ernst Hoppe-Seyler vid universitetet i Tübingen, upptäckte Miescher ett ämne som innehöll både fosfor och kväve i kärnorna i vita blodkroppar som finns i pus. Ämnet, som först kallades nuklein eftersom det tycktes komma från cellkärnor, blev känt som nukleinsyra efter 1874, när Miescher separerade det i protein- och syrakomponenter. Det är nu känt som deoxiribonukleinsyra (DNA).
När han återvände till Basel som professor, fann Miescher nukleinsyra och protamin (ett protein som vanligtvis förknippas med nukleinsyror) i lax-spermatozoa. Han var en av de tidigaste forskarna som föreslog och samlade in data som stödjer hypotesen att det är koldioxidkoncentrationen (snarare än syrekoncentrationen) i blodet som reglerar andningen. 1885 grundade han Schweiz första fysiologiska institut.