På 1980- och 90-talet genomgick det Sixtinska kapellet ett långt och utarbetat restaureringsprogram som sponsras av ett japanskt tv-bolag och genomfördes av bästa italienska och internationella experter. Rengöringen tog bort århundraden med smuts, damm och ljusrök från freskomålarna och avslöjade oväntat lysande färger som delvis motsäger de berömda skulpturella egenskaperna hos Michelangelo's mästerverk. En hård kontrovers - med massor av restauratörer, konsthistoriker och experter inom relaterade områden - omgav projektet från början. Debatten handlade om en viktig fråga: hade Michelangelo, som dagens freskomålare, modifierat sin färdiga freskomålning med secco (torr) färg efter att gipset hade torkat? (Fresco-målare gjorde vanligtvis detta som ett sätt att korrigera misstag, förfina sina verk och applicera pigment som inte kunde tolerera kontakt med vatten.) Och i så fall, hade restauratörernas borttagning av varje skikt ner till den freska gipsen förfalskat konstnärens avsikter ? I detta fall verkar skuggning, korrigeringar och lim som tagits bort av restauratörer ha varit resultatet av tidigare restaureringskampanjer. Medan kontroversen för det sixtinska kapellets restaurering fortfarande ibland diskuteras, anser konstkonservatorerna det inte längre vara en fråga.
