Traditionellt tros ljudet av åska i de många bergen och dalarna i Bhutan vara drakarnas röst, och landet är känt som ”Thunder Dragon's Land” på sitt modersmål. Men flaggans drakedesign kan ha påverkats av liknande design som använts i århundraden av de närliggande kineserna. I sina klor griper draken på flaggan juveler, står för nationell rikedom och för perfektion. Draken, som ursprungligen var grön, är nu vit och symboliserar renhet och lojalitet hos olika etniska grupper i landet. Den gulorange färgen, som den Bhutanesiska regeringen officiellt beskriver som gul, är symbolisk för kungen, som chef för den sekulära regeringen, medan den orange-röda förknippas med Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) och Rnying-ma-pa (Nyingmapa) buddhistiska sekter och med nationens religiösa engagemang.
Det exakta datumet för införandet av denna flagga är okänt, men det kan ha inträffat 1971 när Bhutan gick med i FN. Fram till 1960-talet var Bhutan till stor del stängd för omvärlden; dess utländska förbindelser hade genomförts genom Storbritannien (1910–49) och genom Indien (från 1949 till 1960-talet). Bhutans isolering och brist på havskust begränsade strikt de omständigheter under vilka en nationell flagga krävdes.
