Innan Kosovo förklarade självständighet den 17 februari 2008 hade den aldrig haft den politiska status som tillät den en egen flagga. Efter andra världskriget införlivades Kosovo i socialistiska Jugoslavien som en autonom region (senare autonom provins) i republiken Serbien. Den federala regeringen godkände flaggor endast för de flera jugoslaviska konstituerande republikerna. Emellertid fick etniska albaner som bodde i Kosovo till slut att föra den albanska flaggan.
Kosovo förblev en del av Serbien efter upplösningen av det socialistiska Jugoslavien i början av 1990-talet, men en separatiströrelse i provinsen fick styrka under hela decenniet. 1998 vidtog Serbien straffåtgärder mot separatister i Kosovo, som 1999 motverkades av Nordatlantiska fördragsorganisationen (Nato). Kosovo sattes under FN: s administration, som förblev där efter Kosovos proklamation om självständighet 2008 tills den till stor del byttes ut 2009 av EU: s tjänstemän. Serbien och ett stort antal andra länder förblev emot den självständighetsdeklarationen.
En formell tävling hölls för att välja en nationell flagga för Kosovo. En stor del av uppgifterna var baserade på utformningen av den albanska flaggan, antingen direkt eller indirekt. Det valda mönstret - påverkat av EU-flaggan - gav ett tydligt uttalande som betonade Kosovo som ett multietniskt land. EU-flaggens blå och gula färger användes för flaggens bakgrund respektive silhuett av det nationella territoriet, och EU-flaggens cirkel av vita stjärnor parallellades i vitt stjärnbåge på Kosovos flagga. Stjärnorna sades stå för de sex dominerande etniska grupperna i landet (albaner, bosniaker, Gorani, romer, serber och turkar). Emellertid fortsatte etniska albanska och serbiska invånare i Kosovo att använda sina respektive nationella flaggor.
