John Cotton, (född 4 december 1585, Derby, Derbyshire, Eng. - död 23 dec. 1652, Boston, mass. [USA]), inflytelserik Puritan-ledare i New England, som huvudsakligen fungerade som ”lärare” i First Church of Boston (1633–52) efter att ha undkommit förföljelsen av nonconformists av kyrkan av England.
Utbildad vid Trinity College, Cambridge, blev Cotton prästmästare i församlingskyrkan St. Botolphs i Boston, Lincolnshire, 1612 och förblev i det tjänsten i 21 år. Under denna tid blev han gradvis mer puritansk i sin syn, och han upphörde att följa vissa anglikanska religiösa ritualer när han utförde sina uppgifter. År 1632 vidtog rättsliga åtgärder mot honom för hans nonconformism, och i juli 1633 emigrerade han till Massachusetts Bay Colony, där han blev ”lärare” i First Church of Boston, vilket var kvar tills hans död. Hans popularitet i kolonin var obegränsad, och hans inflytande i både civila och kyrkliga frågor var antagligen större än någon annan minister i det teokratiska New England.
Cotton skrev flera verk som utgör en ovärderlig redogörelse för New England Congregationalism, inklusive The Way of the Churches of Christ in New England (1645) och The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Katekismen som han skrev, Milk for Babes, dragen ur båda testamentets bröst (1646), användes i många år i New England för religiös instruktion av barn.
