Trentrådet.
I maj 1536 publicerade påven Paul en kolvokal för sitt föreslagna råd att hållas i Mantua. Han bemyndigade också en utvald grupp kardinaler att utarbeta en rapport om övergrepp i kyrkan. Guidad av kardinal Gasparo Contarini fördömer denna grupp ordinering av dåligt förberedda präster, valet av inkompetenta biskopar, ackumulering av fördelar och dekadensen av de religiösa ordningarna, predikanden och vård av själar. Rapporten föll emellertid i protestantiska händer och användes av Luther i en våldsam attack mot den romerska kyrkan och påmästerskapet. Trots detta fortsatte påven sina planer på att hålla rådet, planerat att öppna den 23 maj 1537, i Mantua. Med oändligt tålamod försökte Paul övervinna kejsarens, kungarnas, prelaternas och fyrstarnas opposition, och förbehandlade och skjutit upp rådets öppning igen och igen under nio år, men lyckades slutligen få den invigda av sin legat, kardinal Giovanni del Monte, i Trent den 13 december 1545.
Med hänsyn till protestanternas klamring insisterade kejsaren på att rådet huvudsakligen begränsade sig till att hantera disciplin och reform. Trots detta var pavens beslut att doktrinära frågor skulle ha företräde, och i sina tidiga möten hamrade Trentrådet dekret om Skriftens kanon, ursprungssynd, rättfärdighet och sakramenterna samt om reformer. Rädsla för pesten och hotet av en attack av väpnade protestantiska styrkor föranledde påven att acceptera rådets överföring till Bologna i februari 1548. Men kejsaren förbjöd de spanska och tyska prelaterna att gå till Bologna, och påven var tvungen att avbryta rådet den 17 september 1549. Trots detta hade denna första fas av Trentrådet uppnått ett betydande steg framåt, vilket ledde till en grundlig reform av kyrkans undervisning och disciplin.
Under hela sitt pontificat besökte påven Paul ofta problemställen i de påvliga staterna och därefter. Han var i Civitavecchia 1535 och 1537; besökte Lucca och Piacenza på väg till Nice 1538; dök upp i Perugia för att lugna staden efter att hans styrkor bröt makt av familjen Colonna 1540; och 1543 besökte Bologna på väg till Busseto för att träffa kejsaren.
