Roderick MacKinnon, (född 19 februari 1956, Burlington, Massachusetts, USA), amerikansk läkare, medarbetare av Nobelpriset för kemi 2003 för sin banbrytande forskning om jonkanaler i cellmembran. Han delade utmärkelsen med Peter Agre, även USA.
MacKinnon fick en doktorsexamen från Tufts University School of Medicine 1982. Efter att ha utövat medicin under flera år, vände han sig till grundforskning, började 1986 med postdoktorsarbete på jonkanaler vid Brandeis University. 1989 gick han med i Harvard University och 1996 flyttade han till Rockefeller University som professor och laboratoriesjef. Ett år senare utnämndes han till utredare vid Rockefellers Howard Hughes Medical Institute.
Av speciell vikt för nervsystemet och hjärtat är jonkanaler specialöppningar i cellmembran som gör det möjligt för joner, såsom kalium och natrium, att enkelt strömma in och ut från celler; liknande strukturer finns också för passage av vatten. MacKinnons banbrytande arbete fokuserade på ”filter” i kanaler som passerade en typ av jon medan de blockerade andra. För att förstå hur dessa filter fungerar fick han skarpare bilder av kanaler med röntgendiffraktion. 1998 bestämde han den tredimensionella molekylstrukturen i en jonkanal. Kanalen, MacKinnon upptäckte, har en arkitektur som är dimensionerad på ett sätt som enkelt remsar kaliumjoner - men inte natriumjoner - av deras tillhörande vattenmolekyler och låter dem glida igenom. Han hittade också en molekylär "sensor" i slutet av kanalen närmast cellens inre som reagerar på förhållandena runt cellen och skickar signaler som öppnar och stänger kanalen vid lämpliga tidpunkter. Hans banbrytande arbete gjorde det möjligt för forskare att bedriva utvecklingen av läkemedel mot sjukdomar där jonkanaler spelar en roll.
