Oberoende för Centralamerika utropades först den 15 september 1821, men Mexiko dämpade sedan området i två år. Flaggan för de nyligen oberoende Förenta provinserna i Centralamerika antogs 21 augusti 1823 och bestod av blå-vitblå ränder med det nationella vapenskiktet i mitten. Dessa armar inkluderade i princip samma designelement som Nicaragua använder idag. Även efter att de fem medlemsländerna i federationen blev oberoende länder fortsatte Nicaragua att lyfta den gamla flaggan. Slutligen, 1854, valdes en ny horisontell Nicaraguansk tricolor av gul-vit-scharlakansruta, men den flydde inte länge. Inbördeskrig och ingripande av nordamerikanska filibuster (militära äventyrare) resulterade därefter i att ett antal flaggor infördes och snabbt ersattes.
År 1908 antogs den gamla federationsflaggan som Nicaraguas nationella banner med lämpliga modifieringar i vapenskölden. Den grundläggande designen, med ytterligare förändringar av vapenskölden, bekräftades igen av lagen av 27 augusti 1971, även om Sandinistas rörelsers röd-svarta horisontella bikolur var de facto en sekundär nationell flagga under Sandinistas regeringsår (1979) -90). Vapenskölden på flaggan inkluderar en triangel för jämlikhet, ett frihetskap för frihet och fem vulkaner mellan två hav, symboliskt för de fem ursprungliga centralamerikanska länderna mellan Atlanten och Stilla havet.
