Som ärkebiskop
Under nästan ett år efter Theobalds död var utseendet på Canterbury ledigt. Thomas var medveten om kungens avsikt och försökte avskräcka honom genom varningar om vad som skulle hända. Henry fortsatte och Thomas valdes. När han invigdes ändrade Thomas både syn och livsstil. Han blev hängiven och stram och omfamnade det integrerade programmet för pavedomen och dess kanonlagar. Denna spektakulära förändring har förbryllade historiker, och flera förklaringar har försökt: att Thomas berusades av hans ambition att dominera eller att han kastade sig, som tidigare, till en del som han hade gått med på att spela. Det är enklare att anta att han äntligen accepterade de andliga förpliktelserna som han hade ignorerat som kansler och förvandlat till en ny kanal hans blandade energi, karaktärskraft, impetuositet och ostentation. Mycket till Henrys missnöje, avgick han omedelbart kanslern men höll fast vid ärkedonikorn tills han tvingades av kungen att avgå.
Henry hade varit i Normandie sedan augusti 1158 och när han återvände i januari 1163 började Thomas kampen genom att motsätta sig ett skatteförslag och utelämna en ledande baron. Allvarligare var hans attityd när det gäller ”kriminella kontorister”. I Västeuropa hade de anklagade prästerna länge haft förmånen att ställa rättegång vid biskopen snarare än sekulära domstolar och vanligtvis fått mildare straff än vad domstolarna skulle bedöma. I England före Norman Conquest var detta fortfarande sedvanen. Om de funnits skyldiga vid en kyrklig domstol, kan prästkyrkor förnedras eller förvisas men inte vara döda eller stympade. I 60 år efter den normanniska erövringen hörs det lite av prästerskapsbrott eller dess straff, medan på kontinentet grekorianska reformatorer tenderade att betona kyrkans ensamrätt att försöka bestraffa kontorister i större ordningar. Thomas ståndpunkt, att en skyldig kontorist skulle kunna förnedras och straffas av biskopen men inte borde straffas igen med läggande myndighet - ”inte två gånger för samma fel” - var kanoniskt argumenterande och slutligen rådde. Henrys påstående att den brottsliga brottsligheten var vanlig och att den uppmuntras genom frånvaron av drastiska påföljder berömmer sig för moderna läsare som en rättvis. Men det måste komma ihåg att kungens motiv var auktoritära och administrativa snarare än upplysta. Trots det kan man tänka att Thomas blev dåligt råd i sin stela ställning på denna punkt.
Frågan förenades i ett råd i Westminster (oktober 1163), men krisen kom i Clarendon (Wiltshire, januari 1164), när kungen krävde ett globalt samtycke till alla traditionella kungliga rättigheter, reducerade till skrift under 16 huvuden och känd som den Konstitutioner av Clarendon. Dessa hävdade kungens rätt att straffa brottsliga kontorister, förbjöd utrop av kungliga tjänstemän och överklaganden till Rom och gav kungen intäkter av lediga ser och makt att påverka biskopsval. Henry var berättigad att säga att dessa rättigheter hade utövats av Henry I, men Thomas var också motiverad att hävda att de stred mot kyrklig lag. Efter att ha muntligt accepterat konstitutionerna i Clarendon, återkallade Thomas sitt samtycke och vädjade till påven, därefter i Frankrike, som stödde honom medan han avskräckte fällningsåtgärder.
Gräl med Henry
Goda förbindelser mellan Thomas och Henry var nu på slut; ärkebiskopen kallades till rättegång av kungen på en punkt av feodal skyldighet. Vid rådet i Northampton (6–13 oktober 1164) var det tydligt att Henry hade för avsikt att förstöra och fängsla eller att tvinga ärkebiskops avgång. I detta uppmuntras han av några av biskoparna, bland dem Gilbert Foliot, biskop i London. Thomas flydde i förklädnad och sökte tillflykt hos Louis VII i Frankrike. Påven Alexander III fick honom med heder men tvekade att agera beslutsamt i hans favör i rädsla för att han kunde kasta Henry i armarna av den heliga romerska kejsaren Frederick I och hans antipop, Paschal III.
Thomas exil varade i sex år (2 november 1164 - 2 december 1170). Han förenades av många av hans utmärkta hushåll och bodde asetiskt, först i Pontigny Abbey och sedan, när Henry hotade munkarna, vid en kloster nära Sens. Henry hade under tiden tagit fast erkängen till ärkebiskopen och hans anhängare och hade förvisat alla Thomas nära släktingar. Under de följande åren gjordes flera abortförsök till försoning, men nya fientliga handlingar av kungen och förklaringar om utkommunikation som kastades av Thomas på hans motståndare förstörde striderna.
Biskoparna var uppdelade, men en majoritet av dem, ledd av Foliot, var antingen fientliga mot Thomas eller tvekade att stödja honom. Påvliga legater försökte mer än en gång förmedla, och kungen och ärkebiskopen samlades i Montmirail 1169, bara för att dela i ilska. Thomas misstrode kungen och var i sin tur hatad av honom. Samma år lade Henry tillägg till konstitutionerna i Clarendon, och nästan dra tillbaka England från påvliga lydnad. Slutligen, 1170, fick han sin äldsta son att krönas som medkung av ärkebiskopen av York, Beckets gamla rival.
Detta var ett flagrant brott mot påvliga förbud och Canterburys försvarande rätt att krona kungen. Thomas, följt av påven, meddelade alla ansvariga. Henry var rädd för en interdik för England och träffade Thomas på Fréteval (22 juli), och det överenskom att Thomas skulle återvända till Canterbury och få tillbaka alla hans ägodelar. Ingen av parterna drog sig tillbaka från sin ståndpunkt angående konstitutionerna i Clarendon, som vid detta tillfälle inte nämnts. Detta ”öppna” konkordat har förblivit en oförklarlig händelse. Thomas återvände till Canterbury (2 december) och mottogs med entusiasm, men ytterligare utkommunikation av de fientliga kungstjänarna, vägran att lyfta utkommunikationen av Roger av York och Foliot, och hans redo att acceptera tumultfullt beröm av folkmassorna förargade Henry i Normandie.
