Tredje gården
Den baldaktiga porten av Felicity leder till den tredje innergården eller den innersta innergården, som inrymde sultans privata bostad och den inre palatsskolan. Endast sultanen, hans familjemedlemmar, hans tjänare och enstaka godkänd besökare kunde komma in. Besökare till sultanen kunde bara gå så långt som till publikskammaren och förväntades följa strikta seder. De kunde inte ta ögonkontakt eller tala direkt med sultan utan skulle istället sänka huvuden, kasta ögonen nedåt och tala med sultans översättare.
Innan Murad III flyttade sin bostad till haremet på 1500-talet, var sultanens lägenheter belägna i den tredje gården i byggnaden som ofta kallades kammaren för heliga reliker. Namnet härstammar från sin roll som ett förvar för islamiska reliker, inklusive profeten Muhammeds mantel, svärd och båge, som alla erhölls när Selim I erövrade Mamlūk-dynastin i Egypten 1517 och överför kalifatet till osmännen.
Sovrummen på de kungliga sidorna, som ingick i en hierarki av tjänare till sultan, finns också i den tredje gården. De flesta sidor rekryterades som pojkar från den erövrade kristna befolkningen via devşirme-systemet, där pojkar togs bort från sina familjer som en form av skatt eller hyllning. Efter att ha fått nya namn och konverterats till islam tilldelades de ljusaste pojkarna specifika roller och fick en strikt utbildning medan de tjänade lön. De följde en meritokrati och kunde uppnå så höga positioner som en storslagen vizier, men många män blev befriade vid 25 och gifte sig med en tjej av harem eller en sultans dotter. De kungliga sidorna sovs hus nu delar av kejsarsamlingen. Porträtten av sultanerna, till exempel, finns i sovsalen i Privy Chamber, och den kejserliga garderoben finns i sovsalen för kampanjerna. Många av föremålen i båda samlingarna visar slottets hantverkares färdigheter samt tekniska förändringar och mode. Tittarna kan se den markanta klänningen i 1800-talet, till exempel genom garderoben och porträttkollektionen, när europeiska militärkläder ersatte sultans kaftan och fez ersatte turbanen.
En av slottets mest berömda samlingar är de kejsarjuvelerna, inrymt i erövrarnas paviljong, också på den tredje gården. Innehaven inkluderar den så kallade Spoonmaker's Diamond, en av världens största skurna diamanter, och smaragden Topkapı Dagger, ämnet för intriger i kapersfilmen Topkapi från 1964. Liksom de andra delarna av museets samling, juveler-samlingen bevisar till det osmanska rikets stora rikedom.
Mitten av den tredje gården är ockuperad av biblioteket av Sultan Ahmed III, som är överdådigt inredda som många av palatsets byggnader med målade brickor, målat glasfönster och fönsterluckor med pärlemor- och elfenbensinläggning. Boksamlingen konsoliderades med andra palatsböcker under 1900-talet och flyttades till Moskén i Aghas, som är den största moskén i palatset och ligger intilliggande. Topkapı-palatsets samling innehåller sällsynta manuskript, illustrerade volymer och tidiga kopior av Koranen, som alla forskare kan se över i läsrummet.
Fjärde gården
Den tredje gården sträcker sig till den fjärde gården, som främst består av terrasserade trädgårdar och paviljonger. Det är hem till den frodigt dekorerade omskärningskammaren, Bagdad-paviljongen och Yerevan-paviljongen. En av de mest distinkta strukturerna på den fjärde gården är den pittoreska förgyllda bronsen Iftar Pergola, där sultaner skulle bryta sig snabbt om Ramadan föll på sommaren. Många av de osmanska sultanerna hade intresse för blommor och trädgårdsskötsel, och den fjärde trädgårdsplanen är fylld med tulpaner, precis som de skulle ha varit under osmannens regeringstid.
Harem
Haremet var bostadsområdena i sultans familj och delades strikt efter kön. På 1500-talet blev det också sultans bostad, då Murad III fick lägenheter byggda där. Liksom resten av palatset renoverades haremet kontinuerligt och växte efter behov. Resultatet är en ganska mazliknande layout och många arkitekturstilar.
För att komma in eller ut ur haremet, måste invånarna passera genom den stenlagda innergården för de svarta eunukerna till huvudporten, även kallad Kungliga porten. Svarta sjömän bevakade haremet och köptes förmodligen på slavmarknader i erövrade länder och kastrerades före puberteten. På samma sätt som kungliga sidorna fick mänskliga löner och följde en meritokrati, men till skillnad från sidorna, var bara några få åldrar befriade någonsin. Deras bostadsområde liksom skattkammaren och prinsens skola omgav denna gård.
Förbi Huvudporten ligger drottningens moderbelagda gård, harems största och mest centrala innergård. Drottningens mor var maktens centrum i haremet. Kallas valide sultan, hon var den högsta konsort vars son hade stigit upp till tronen. Hon hade också ett betydande inflytande över sultanen, som skulle stanna i sina centralt belägna lägenheter varje morgon för att informera henne om statsärenden.
Sultanens lägenheter var anslutna till drottningmorens genom en vit-marmorerad dubbel hamam, ett turkiskt bad. Den ena sidan av hammamet var reserverad för sultan och den andra för kvinnorna i haremet. Resten av sultans bostad inkluderar en tronhall och tre privata kamrar. Privy Room of Murad III är den äldsta och bäst överlevande byggnaden i haremet och designades av en av det osmanska riket mest berömda arkitekter, Sinan. Det kupolformade utrymmet är detaljerat dekorerat med İznik-plattor och kalligrafi som reciterar verser från Koranen. Ett annat privat rum, kallad fruktrummet, lades till av Ahmed III och är okarakteristiskt dekorerat med delvis lackerade frukter och blommor.
Sultans söner, döttrar, bröder och systrar bodde också i haremet och ockuperade ett av harems hundratals rum. Tvillingpaviljongerna, till exempel, var troligen bostadsområdena för sultans söner som började på 1700-talet.
Haremet hade också bostadsområden för kvinnliga tjänare, konkubiner och sultans högsta konsort, och rummen var tillgängliga via galleriet för konkubinerna utanför Main Gate. Många av dessa kvinnor kom som gåvor eller köp från slavmarknaden när de var unga flickor, och som resten av palatsets tjänare följde de en meritokrati. De åstadkom servila uppgifter medan de fick lön och utbildning för att antingen bli hustru till en av sidorna eller en konkubin för sultan. Om man valt att bli en konkubin, kunde en ung kvinna höja sig och få bättre boende, i huvudsak så om hon födde sultan ett barn. Om barnet var en hane som steg upp tronen, skulle konkubin då anta haremens starkaste position som drottningmodern. De flesta flickor i haremet befriades emellertid vid 16 eller 17 års ålder och gifte sig efter deras träning.
