Polychaete-hypotes, teori om att konodonter (små tandliknande strukturer som finns som fossiler i marina bergarter) är delar av käkenheten hos polychaetmaskar, en klass av annelid eller segmenterade maskar. Conodonts liknar käftarna (scolecodonts) av polychaete maskar i form, och de finns i vänster och höger par, liksom scolecodonts. Polychaete-tänder är kända så tidigt som den ordoviciska perioden (för cirka 505 miljoner till 438 miljoner år sedan), men conodonter har sin första obestridda förekomst tidigare, i den sena kambriska epoken (cirka 523 miljoner till 505 miljoner år sedan). Argument mot conodont – polychaete-förhållandet inkluderar det faktum att scolecodonts förändras lite med tiden, medan conodonts uppvisar stor variation och utveckling över tid. Scolecodonts består av kitin, ett resistent, kåt material som liknar naglarna i sammansättningen. Conodonts består dock av kalciumfosfat, som i ryggradsskelettens skelett. Någon okänd grupp polychaeter kan ha kunnat utsöndra strukturer av kalciumfosfat, men de stora skillnaderna i tillväxt mellan conodonter och polychaete käkar utgör ett övertygande argument mot polychet hypotesen.
