Utveckling av nya virusstammar
Virus som infekterar djur kan hoppa från en art till en annan, vilket kan orsaka en ny, vanligtvis allvarlig sjukdom i den nya värden. Till exempel hoppade ett virus i familjen Coronaviridae 2003 från en djurbehållare, tros vara hästskofladder, till människor, vilket orsakade en mycket patogen sjukdom hos människor som kallas svårt akut respiratoriskt syndrom (SARS). SARS coronavirus förmåga att hoppa från hästsko fladdermöss till människor krävde utan tvekan genetiska förändringar i viruset. Förändringarna misstänks ha inträffat i palm civet, eftersom SARS-viruset som finns i hästsko fladdermöss inte kan infektera människor direkt.
Sådana nyuppkomna virus är ofta mycket smittsamma hos människor, eftersom de inte tidigare har stött på det mänskliga immunsystemet och därför har människor ingen immunitet mot dem. Koronaviruset som orsakade till exempel SARS spridde sig snabbt bland människor och blev ett betydande sjukdomshot. Viruset kom snabbt under kontroll, på grund av förbud mot resor och karantänåtgärder. I slutet av 2019 framkom en annan typ av coronavirus, kallad SARS-CoV-2, i Kina och spridde sig snabbt över hela världen, vilket gav upphov till en pandemi. SARS-CoV-2 orsakade en sjukdom känd som coronavirussjukdom 2019 (COVID-19), som var mycket lik SARS men orsakade signifikant större dödlighet, särskilt bland personer över 65 år.
Influensa A-virus som infekterar människor kan genomgå en dramatisk antigenisk förändring, kallad antigenskift, som genererar virus som orsakar pandemier. Denna dramatiska förändring inträffar eftersom influensa A-virus har en stor djurbehållare, vilda vattenlevande fåglar. RNA-genomet av influensa A-virus är i form av åtta segment. Om en mellanliggande värd, antagligen grisen, samtidigt infekteras med ett humant och en fågelinfluensa A-virus, kan genom-RNA-segmenten sorteras igen, vilket ger ett nytt virus som har ett ytprotein som är immunologiskt åtskilt från influensa A-virus som har cirkulerat i den mänskliga befolkningen. Eftersom den mänskliga befolkningen kommer att ha litet eller inget immunologiskt skydd mot det nya viruset, kommer en pandemi att resultera. Detta är vad som troligtvis inträffade i influensapandemin 1957, influensapandemin 1968 och influensapandemin (H1N1) 2009.
Pandemisk influensa A-virus kan uppenbarligen också uppstå genom en annan mekanism. Det har antagits att den stam som orsakade influensaepidemin 1918–19 härledde alla åtta RNA-segment från ett fågelvirus och att detta virus sedan genomgick flera mutationer i processen att anpassa sig till däggdjursceller. Fågelinfluensavirus, som har spridit sig från Asien till Europa och Afrika sedan 1990-talet, verkar ta denna väg till pandemikapacitet. Dessa virus, som har överförts direkt från kycklingar till människor, innehåller endast fågelgener och är mycket patogena hos människor, vilket orsakar en dödlighet högre än 50 procent. Fågelinfluensavirus har ännu inte förvärvat förmågan att överföra effektivt från människor till människor, och det är inte känt vilka genetiska förändringar som måste ske för att de ska kunna göra det.
